Tom ve Jerry: Kayıp Pusula, gizemli bir pusula bulmalarıyla kendilerini başka bir çağda bulan Tom ve Jerry'nin hikayesini konu ediyor. Bir müzede kaotik bir kovalamaca sırasında, Tom ve Jerry beklenmedik bir şekilde onları tuhaf bir dünyaya götüren sihirli bir pusulaya rastlarlar. Geri dönüş yolunu ararken, alışılmadık yol arkadaşlarıyla karşılaşırlar ve bilmedikleri manzaralarda yol alırlar. Ancak yolculukları zorluklardan uzak değildir. Yollarına çıkan gizemli bir güç, onları büyüyen bir çatışmayla yüzleşmeye zorlar.